Fu fondata nel 1887 a Hamamatsu, prefettura di Shizuoka come Nippon Gakki Company, Limited (日本楽器製造株式会社, Nippon Gakki Seizō Kabushiki Gaisha) da Torakusu Yamaha, un costruttore di pianoforti e organi a canne, e costituita il 12 ottobre 1897. L'origine della società come produttrice di strumenti musicali è ancora percepibile dal logo dell'azienda, un trio di diapason incrociati.
Nel 1955 ha iniziato a diversificare la produzione, indirizzandosi anche a quella dei motocicli e dei motori, fondando una divisione autonoma, la Yamaha Motor Co., di cui, al 31 dicembre 2006, possedeva il 22,7% del capitale sociale.
Nel mese di ottobre 1987, in occasione del 100º anniversario, il suo nome è stato cambiato in Yamaha Corporation.
Nel 1989, Yamaha ha presentato al mondo il primo masterizzatore CD. Da allora, la Yamaha ha acquistato Sequential Circuits nel 1989. Ha inoltre acquisito il produttore tedesco di software audio musicale Steinberg nel 2004